إلى جانب الصلوات الخمس وخطبة الجمعة، يحتضن الجامع برامج علمية وقرآنية على مدار العام.
برنامج علمي متكامل لتفسير القرآن الكريم، من سورة الفاتحة إلى سورة الناس، وفق منهجية علمية منضبطة — ينظمه معهد القراءات وإعداد معلمي القرآن الكريم التابع للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، وتُعقد مجالسه في رحاب جامع الفاتح.
عُقدت منه حتى اليوم عشر دورات على مدى أيام متتالية في كل دورة، يقدّمها كبار أساتذة التفسير من داخل البحرين وخارجها — ومنهم أ.د. أحمد بن فارس السلوم، وأ.د. زكي صبري، وأ.د. عبدالسلام المجيدي، وأ.د. خالد المطرفي — وتشهد كل دورة مشاركة تتجاوز ٣٤٠ دارساً ودارسة.
صفحة البرنامج في معهد القراءات ←حلقات أسبوعية لتصحيح التلاوة وتعلّم أحكام التجويد، للرجال والنساء وبمستويات متدرجة — من تصحيح الفاتحة وقصار السور إلى الإجازة في التلاوة. يشرف عليها قرّاء مجازون، والانضمام مفتوح طوال العام.
منبر الجامع الأشهر في البحرين — خطب فضيلة الشيخ عدنان القطان، وتُبث كاملة على قناة المركز.
أحدث الخطب ←مكتبة عامرة بأمهات كتب التفسير والحديث والفقه، مفتوحة للباحثين والزوار.
صلاة التراويح والقيام، ومجالس تفسير جزء عمّ، وختمات قرآنية بأصوات مؤثرة.
